هیئت مدیره بنیاد خیران و واقفان دانشگاه علوم و معارف قرآن کریم به شرح زیر هستند:
حجت‌الاسلام
دکتر سیدمحمد نقیب
رئیس هیئت مدیره
حجت‌الاسلام
محمدطاهر گرایلی
عضو اصلی هیئت مدیره
و مدیر عامل
حجت الاسلام
مرتضی رضوانی زاده
نایب‌رئیس هیئت مدیره
دکتر مجتبی قاسمی
عضو اصلی هیات مدیره
خزانه دار
حجت‌الاسلام
دکتر علیرضا کاوند
عضو اصلی هیئت مدیره
حجت الاسلام
دکترسید کریم خوب بین خوش نظر
عضو علی البدل هیات مدیره
دکتر علی‌اصغر شعاعی
عضو علی البدل هیئت مدیره
دکتر مهدی داوری
بازرس اصلی
حجت‌الاسلام
دکترسیدمحمد اسماعیلی
بازرس علی البدل